建设工程项目是劳动密集所在，使用了大量的农民工；一旦发生农民工工资纠纷，往往导致施工进度减缓，甚至工程质量受影响，从而使业主或政府向施工总包企业发函问责，危害施工企业的利益与声誉。农民工工资纠纷往往在节假日尤其是岁末年初表现更加突出，值得依法合规预防和化解。
一、要认清农民工工资纠纷的危害
不妥善处理农民工工资纠纷就是违规行为。农民工是弱势群体，一直为党和政府所关注关心；已出台了一系列政策法规措施，保护农民工合法权益。而农民工工资的按时足额获取，则是农民工最为重要的权益。督促发放农民工工资是政府对建设工程总包企业的一贯要求。如果不执行有关政策法规，导致项目发生农民工工资纠纷，这既是是否执行政策问题又是是否遵守法规的问题。
产生农民工工资纠纷会影响项目的进度工期甚至安全质量。工资发放不及时不到位不足额，往往会使农民工队伍产生怨言，导致其劳动积极性下降，甚至产生停工阻工事件，造成工期严重滞后；也会产生偷工减料现象，给安全质量带来危害。
不妥善处理化解农民工工资纠纷会危害总包企业的声誉与经济利益。一个项目出现任何纠纷与风险包括农民工工资纠纷，往往首要的是追究总包单位的责任，特别是当总包方是央企国企时，责任与影响会更大，会有业主发函谴责、信誉评价减分等处罚；还会将与农民工完全无任何劳动用工关系的总包企业视为直接拖欠工资的主体。
二、要分清农民工工资纠纷的性质
从法律规定上看，工资纠纷即是劳动纠纷。农民工工资纠纷是否也属于劳动纠纷呢？这要作具体全面分析。
第一，农民工与其所聘用的企业（往往是分包企业）之间是劳动关系，企业拖欠农民工工资产生的纠纷绝对是法定的劳动纠纷；
第二，农民工与非直接聘用他们的总包企业之间无劳动关系，不产生拖欠工资的劳动纠纷；但总包方依规有监督农民工工资发放与代为发放的义务；
第三，不能将总包方监督农民工工资发放不力与分包方拖欠农民工工资混为一谈；
第四，因发包方业主拖欠工程款，造成层层拖欠，各层级之间的主体或多或少或大或小均有过错；但总包方积极进行了追索，应当减轻责任或无责任，尤其是分包合同中约定了以业主支付为分包款支付前提的。
三、依法合规预防和化解农民工工资拖欠纠纷
第一，源头防控，与讲诚信的分包队伍合作。做好分包招标，坚决杜绝一贯不讲诚信、长期恶意拖欠农民工工资的分包队伍；产生了此方面的纠纷后，务必将不讲诚信的分包方拉入企业内部“黑名单”；
第二，签好合同，约定并履行维护农民工合法权益的条款。如农民工工资风险保证金，必须约定在分包合同中，并坚决履行。一旦产生农民工工资纠纷，则可动用此项保证金及时化解纠纷、弥补损失。在此，可以对分包队伍进行评级，信用高的少收农民工资保证金，反之则多收；同时为了共担风险共享成果，可约定“背靠背”条款，即以业主支付为分包款支付前提，避免或减轻层层拖欠的风险与责任；
第三，现场监控，确保农民工工资及时足额发放到位。有分包队伍负责人会拖延支付农民工工工资，或制作虚假支付凭证。为此，总包方应依法合规代为发放，而且现场发放，同时录像、见证，张榜公布，书面签字，留下一系列合法证据，一旦产生纠纷可作为呈堂证供；
第四，积极作为，向业主索要进度款以化解层层拖欠。在业主及时足额支付了进度款时，总包方理应往下支付给分包方，再由分包方支付农民工工资；反之，总包方无力支付分包方，分包方无力支付农民工，这是客观实际。总包方不可怠于行使自身的权利，而应积极主动而为，也可与分包方一道共同努力；
第五，法治共建，与当地劳动保障部门保持联系。项目开始，一进场即将分包队伍及其所属农民工详细信息造册、身份证查明并复印，一并报劳动部门知悉，避免产生工资或工伤纠纷时，地方劳动部门将分包方直接聘用的农民工当作总包方员工；
第六，积极支持，追究分包方拖欠农民工工资的法律责任。当分包方负责人无故拖欠巨额农民工工资且消失时，总包方可以支持农民工向当地有关机关报案，网上通缉追究其拒不支付劳动报酬罪的刑事责任。在此方面，有不少成功的案例值得借鉴。